| { |
| "trained_at": "2026-08-28T13:42:32.184957+00:00", |
| "device": "cpu", |
| "n_genes_total": 570, |
| "n_train_labeled": 199, |
| "n_test_labeled": 102, |
| "temporal_split": { |
| "train_total": 1504, |
| "test_total": 1415, |
| "leakage_prevented": 0, |
| "no_leak_verified": true |
| }, |
| "baseline": { |
| "auroc": 0.1190368014538846, |
| "auprc": 0.547004870356739 |
| }, |
| "bgcn": { |
| "auroc": 0.9213993639254885, |
| "auprc": 0.9559666780818283 |
| }, |
| "calibration": { |
| "slope": 1.039452672944247, |
| "intercept": 0.14796603209583445, |
| "ece": 0.10702049929429502 |
| }, |
| "dca": { |
| "passes_gate": true, |
| "positive_range": [ |
| 0.01, |
| 0.97 |
| ] |
| }, |
| "lrp_fidelity": { |
| "mean_fidelity": -0.08218878777653914, |
| "median_fidelity": -0.013004715115331498, |
| "std_fidelity": 0.37249609903622566, |
| "min_fidelity": -1.4798435791581208, |
| "n_faithful": 4 |
| }, |
| "gates": { |
| "auroc_beats_baseline": true, |
| "auprc_beats_baseline_margin_0.02": true, |
| "calibration_slope_in_range": true, |
| "calibration_intercept_in_range": false, |
| "dca_net_benefit_positive": true, |
| "lrp_fidelity_ge_0.3": false |
| }, |
| "release_status": "RESEARCH_ONLY_NOT_PROMOTED", |
| "meta": { |
| "n_genes": 570, |
| "gene_list": [ |
| "14q partial distal trisomy syndrome", |
| "ABCA7", |
| "ABCC2", |
| "ABHD17B", |
| "ABHD3", |
| "ACD", |
| "ADAMTS1", |
| "ADAMTS9", |
| "ADAP2", |
| "AIMP2", |
| "AKAP11", |
| "AKT1", |
| "ALK", |
| "ALS2", |
| "ANG", |
| "ANKRD22", |
| "ANKRD26", |
| "AOPEP", |
| "APBA2", |
| "APC", |
| "APOB", |
| "APOB3'MAR", |
| "APOE", |
| "APP", |
| "AR", |
| "ARID1A", |
| "ASXL1", |
| "ATM", |
| "ATP13A2", |
| "ATR", |
| "ATRX", |
| "AXIN2", |
| "BAP1", |
| "BARD1", |
| "BAX", |
| "BCL10", |
| "BCL2", |
| "BCL6", |
| "BIVM-ERCC5", |
| "BRAF", |
| "BRCA1", |
| "BRCA2", |
| "BRIP1", |
| "BRK1", |
| "C10orf55", |
| "C6orf201", |
| "C9orf72", |
| "CARD11", |
| "CASP10", |
| "CASP8", |
| "CASR", |
| "CBL", |
| "CCND1", |
| "CCNF", |
| "CDH1", |
| "CDK4", |
| "CDK6", |
| "CDKN2A", |
| "CEBPA", |
| "CEP290", |
| "CFTR", |
| "CFTR-AS1", |
| "CFTR-AS2", |
| "CHCHD10", |
| "CHEK2", |
| "CHMP2B", |
| "CNTN1", |
| "COL18A1", |
| "COL4A4", |
| "CPSF2", |
| "CREBBP", |
| "CTAGE1", |
| "CTNNA1", |
| "CTNNB1", |
| "CYLD", |
| "Cardiovascular phenotype", |
| "DAXX", |
| "DCTN1", |
| "DDX41", |
| "DHCR7", |
| "DICER1", |
| "DIPK1A", |
| "DKC1", |
| "DMD", |
| "DNAJC6", |
| "DNAJC7", |
| "DNMT3A", |
| "EGFR", |
| "EGFR-AS1", |
| "EGFR-related lung cancer", |
| "EGLN1", |
| "ELANE", |
| "EP300", |
| "EPAS1", |
| "EPCAM", |
| "ERBB2", |
| "ERBB4", |
| "ERCC2", |
| "ERCC4", |
| "ESR1", |
| "ETV6", |
| "EVI2A", |
| "EWSR1", |
| "EZH2", |
| "FAN1", |
| "FANCA", |
| "FANCC", |
| "FANCD2", |
| "FANCE", |
| "FANCG", |
| "FANCI", |
| "FAS", |
| "FASLG", |
| "FBP2", |
| "FBXW7", |
| "FH", |
| "FLCN", |
| "FLT1", |
| "FLT3", |
| "FMR1", |
| "FOXA1", |
| "FOXL2", |
| "FRONTOTEMPORAL LOBAR DEGENERATION WITH TDP43 INCLUSIONS, TARDBP-RELATED", |
| "FUS", |
| "FXR2", |
| "G6PD", |
| "GALNT12", |
| "GATA2", |
| "GATA3", |
| "GBA", |
| "GBA1", |
| "GBE1", |
| "GLE1", |
| "GLI1", |
| "GLIS2", |
| "GNA11", |
| "GNAQ", |
| "GNAS", |
| "GPD1", |
| "GRN", |
| "H3-3B", |
| "H3F3A", |
| "HBB", |
| "HEATR3", |
| "HIF1A", |
| "HNRNPA2B1", |
| "HRAS", |
| "HTT", |
| "Hereditary nonpolyposis colorectal neoplasms", |
| "IDH1", |
| "IDH2", |
| "IDH3A", |
| "INVS", |
| "IQCB1", |
| "Inborn genetic diseases", |
| "Inherited MMR deficiency (Lynch syndrome)", |
| "Inherited breast cancer and ovarian cancer", |
| "Inherited ovarian cancer (without breast cancer)", |
| "JAK1", |
| "JAK2", |
| "KDM6A", |
| "KDR", |
| "KIF1A", |
| "KIF5A", |
| "KIT", |
| "KMT2A", |
| "KMT2D", |
| "KRAS", |
| "LALTOP", |
| "LDLR", |
| "LDLRAP1", |
| "LNCR-SMAL", |
| "LOC107303340", |
| "LOC108281125", |
| "LOC108281182", |
| "LOC108903148", |
| "LOC110806263", |
| "LOC110806306", |
| "LOC111674477", |
| "LOC114803469", |
| "LOC126806050", |
| "LOC126807526", |
| "LOC126861339", |
| "LOC126861451", |
| "LOC126862483", |
| "LOC126862571", |
| "LOC129390965", |
| "LOC129937550", |
| "LOC130007385", |
| "LOC130055403", |
| "LOC130062441", |
| "LOC132090298", |
| "LRRFIP2", |
| "LRRK2", |
| "LZTR1", |
| "Li-Fraumeni syndrome 1", |
| "MAP2K1", |
| "MAP2K2", |
| "MAPT", |
| "MATR3", |
| "MBD4", |
| "MDM2", |
| "MDM4", |
| "MEN1", |
| "MET", |
| "MIR6084", |
| "MLH1", |
| "MLH3", |
| "MONDO:0000507", |
| "MONDO:0002447", |
| "MONDO:0003582", |
| "MONDO:0004975", |
| "MONDO:0004976", |
| "MONDO:0005145", |
| "MONDO:0005180", |
| "MONDO:0005439", |
| "MONDO:0005575", |
| "MONDO:0005835", |
| "MONDO:0007039", |
| "MONDO:0007086", |
| "MONDO:0007088", |
| "MONDO:0007089", |
| "MONDO:0007103", |
| "MONDO:0007104", |
| "MONDO:0007105", |
| "MONDO:0007110", |
| "MONDO:0007356", |
| "MONDO:0007485", |
| "MONDO:0007488", |
| "MONDO:0007648", |
| "MONDO:0007750", |
| "MONDO:0007827", |
| "MONDO:0008018", |
| "MONDO:0008021", |
| "MONDO:0008192", |
| "MONDO:0008199", |
| "MONDO:0008200", |
| "MONDO:0008233", |
| "MONDO:0008243", |
| "MONDO:0008280", |
| "MONDO:0008453", |
| "MONDO:0008555", |
| "MONDO:0008667", |
| "MONDO:0008685", |
| "MONDO:0008734", |
| "MONDO:0008762", |
| "MONDO:0008840", |
| "MONDO:0008887", |
| "MONDO:0009061", |
| "MONDO:0009134", |
| "MONDO:0009213", |
| "MONDO:0009214", |
| "MONDO:0009215", |
| "MONDO:0009623", |
| "MONDO:0009694", |
| "MONDO:0009892", |
| "MONDO:0009897", |
| "MONDO:0010035", |
| "MONDO:0010133", |
| "MONDO:0010210", |
| "MONDO:0010214", |
| "MONDO:0010215", |
| "MONDO:0010216", |
| "MONDO:0010385", |
| "MONDO:0010459", |
| "MONDO:0010584", |
| "MONDO:0010820", |
| "MONDO:0010936", |
| "MONDO:0010953", |
| "MONDO:0010997", |
| "MONDO:0011014", |
| "MONDO:0011136", |
| "MONDO:0011158", |
| "MONDO:0011196", |
| "MONDO:0011369", |
| "MONDO:0011383", |
| "MONDO:0011405", |
| "MONDO:0011450", |
| "MONDO:0011537", |
| "MONDO:0011613", |
| "MONDO:0011632", |
| "MONDO:0011658", |
| "MONDO:0011706", |
| "MONDO:0011713", |
| "MONDO:0011743", |
| "MONDO:0011764", |
| "MONDO:0011797", |
| "MONDO:0011913", |
| "MONDO:0011951", |
| "MONDO:0012041", |
| "MONDO:0012075", |
| "MONDO:0012132", |
| "MONDO:0012153", |
| "MONDO:0012183", |
| "MONDO:0012186", |
| "MONDO:0012249", |
| "MONDO:0012565", |
| "MONDO:0012669", |
| "MONDO:0012790", |
| "MONDO:0012924", |
| "MONDO:0012933", |
| "MONDO:0012937", |
| "MONDO:0013196", |
| "MONDO:0013216", |
| "MONDO:0013248", |
| "MONDO:0013253", |
| "MONDO:0013264", |
| "MONDO:0013292", |
| "MONDO:0013308", |
| "MONDO:0013357", |
| "MONDO:0013398", |
| "MONDO:0013499", |
| "MONDO:0013521", |
| "MONDO:0013522", |
| "MONDO:0013565", |
| "MONDO:0013625", |
| "MONDO:0013669", |
| "MONDO:0013692", |
| "MONDO:0013699", |
| "MONDO:0013710", |
| "MONDO:0013725", |
| "MONDO:0013888", |
| "MONDO:0014025", |
| "MONDO:0014045", |
| "MONDO:0014048", |
| "MONDO:0014108", |
| "MONDO:0014178", |
| "MONDO:0014223", |
| "MONDO:0014231", |
| "MONDO:0014233", |
| "MONDO:0014252", |
| "MONDO:0014382", |
| "MONDO:0014536", |
| "MONDO:0014600", |
| "MONDO:0014612", |
| "MONDO:0014630", |
| "MONDO:0014641", |
| "MONDO:0014690", |
| "MONDO:0014796", |
| "MONDO:0014802", |
| "MONDO:0014809", |
| "MONDO:0014975", |
| "MONDO:0014979", |
| "MONDO:0014986", |
| "MONDO:0014987", |
| "MONDO:0015253", |
| "MONDO:0015356", |
| "MONDO:0015780", |
| "MONDO:0016063", |
| "MONDO:0016073", |
| "MONDO:0016248", |
| "MONDO:0016419", |
| "MONDO:0017276", |
| "MONDO:0017623", |
| "MONDO:0018150", |
| "MONDO:0018604", |
| "MONDO:0018630", |
| "MONDO:0018770", |
| "MONDO:0018874", |
| "MONDO:0018875", |
| "MONDO:0018881", |
| "MONDO:0018921", |
| "MONDO:0018975", |
| "MONDO:0018996", |
| "MONDO:0019005", |
| "MONDO:0021056", |
| "MONDO:0024537", |
| "MONDO:0024551", |
| "MONDO:0030690", |
| "MONDO:0030805", |
| "MONDO:0030872", |
| "MONDO:0031071", |
| "MONDO:0032865", |
| "MONDO:0033362", |
| "MONDO:0042490", |
| "MONDO:0044300", |
| "MONDO:0054750", |
| "MONDO:0100216", |
| "MONDO:0100553", |
| "MONDO:0700270", |
| "MONDO:0800444", |
| "MONDO:0859183", |
| "MONDO:0859246", |
| "MONDO:0859267", |
| "MONDO:0957530", |
| "MONDO:0975748", |
| "MONDO:0980991", |
| "MONDO:8000012", |
| "MPO", |
| "MSH2", |
| "MSH3", |
| "MSH6", |
| "MTOR", |
| "MUTYH", |
| "MYC", |
| "MYD88", |
| "NBN", |
| "NEFH", |
| "NEK1", |
| "NF1", |
| "NF2", |
| "NOTCH1", |
| "NOTCH3", |
| "NPHP1", |
| "NPHP3", |
| "NPHP3-ACAD11", |
| "NPHP4", |
| "NPM1", |
| "NRAS", |
| "NTHL1", |
| "OLR1", |
| "OPTN", |
| "OSBPL1A", |
| "PALB2", |
| "PARK7", |
| "PARN", |
| "PAX8", |
| "PBRM1", |
| "PCSK9", |
| "PDGFRA", |
| "PIK3C2G", |
| "PIK3CA", |
| "PIK3R1", |
| "PIKFYVE", |
| "PINK1", |
| "PMS1", |
| "PMS2", |
| "POLD1", |
| "POLE", |
| "POLH", |
| "PRKAG2", |
| "PRKAR1A", |
| "PRKN", |
| "PRPH", |
| "PSAP", |
| "PSEN1", |
| "PSEN2", |
| "PTCH1", |
| "PTEN", |
| "PTPN11", |
| "PTRH2", |
| "Partial 18p monosomy with 18q trisomy", |
| "RAB32", |
| "RAD51", |
| "RAD51C", |
| "RAD51D", |
| "RAF1", |
| "RB1", |
| "REL", |
| "RET", |
| "RHOT1", |
| "RPA1", |
| "RPS10", |
| "RPS17", |
| "RPS19", |
| "RPS20", |
| "RUNX1", |
| "SAMD9L", |
| "SDHB", |
| "SDHD", |
| "SEC23B", |
| "SETD2", |
| "SETX", |
| "SH2D1A", |
| "SHOC2", |
| "SLC52A3", |
| "SLX4", |
| "SMAD4", |
| "SMARCB1", |
| "SMN1", |
| "SMO", |
| "SNCA", |
| "SOCS1", |
| "SOD1", |
| "SORL1", |
| "SOS1", |
| "SPG11", |
| "SPRED1", |
| "SQSTM1", |
| "STAG2", |
| "STAT3", |
| "STK11", |
| "SUFU", |
| "SUPT16H", |
| "SYNJ1", |
| "See cases", |
| "TAF15", |
| "TARDBP", |
| "TBK1", |
| "TERT", |
| "TET2", |
| "TINF2", |
| "TNFAIP3", |
| "TP53", |
| "TP53BP1", |
| "TRPM7", |
| "TSC1", |
| "TSC2", |
| "TTC21B", |
| "Triple-negative breast cancer", |
| "UBQLN2", |
| "USB1", |
| "VAPB", |
| "VCP", |
| "VEGFA", |
| "VHL", |
| "VPS13C", |
| "VPS35", |
| "WT1", |
| "XIAP", |
| "XPA", |
| "XRCC1", |
| "XRCC2", |
| "ZCCHC8", |
| "not provided", |
| "not specified", |
| "tissue:Adipose_Subcutaneous", |
| "tissue:Adipose_Visceral_Omentum", |
| "tissue:Adrenal_Gland", |
| "tissue:Artery_Aorta", |
| "tissue:Artery_Coronary", |
| "tissue:Artery_Tibial", |
| "tissue:Bladder", |
| "tissue:Brain_Amygdala", |
| "tissue:Brain_Anterior_cingulate_cortex_BA24", |
| "tissue:Brain_Caudate_basal_ganglia", |
| "tissue:Brain_Cerebellar_Hemisphere", |
| "tissue:Brain_Cerebellum", |
| "tissue:Brain_Cortex", |
| "tissue:Brain_Frontal_Cortex_BA9", |
| "tissue:Brain_Hippocampus", |
| "tissue:Brain_Hypothalamus", |
| "tissue:Brain_Nucleus_accumbens_basal_ganglia", |
| "tissue:Brain_Putamen_basal_ganglia", |
| "tissue:Brain_Spinal_cord_cervical_c-1", |
| "tissue:Brain_Substantia_nigra", |
| "tissue:Breast_Mammary_Tissue", |
| "tissue:Cells_Cultured_fibroblasts", |
| "tissue:Cells_EBV-transformed_lymphocytes", |
| "tissue:Cervix_Ectocervix", |
| "tissue:Cervix_Endocervix", |
| "tissue:Colon_Sigmoid", |
| "tissue:Colon_Transverse", |
| "tissue:Esophagus_Gastroesophageal_Junction", |
| "tissue:Esophagus_Mucosa", |
| "tissue:Esophagus_Muscularis", |
| "tissue:Fallopian_Tube", |
| "tissue:Heart_Atrial_Appendage", |
| "tissue:Heart_Left_Ventricle", |
| "tissue:Kidney_Cortex", |
| "tissue:Kidney_Medulla", |
| "tissue:Liver", |
| "tissue:Lung", |
| "tissue:Minor_Salivary_Gland", |
| "tissue:Muscle_Skeletal", |
| "tissue:Nerve_Tibial", |
| "tissue:Ovary", |
| "tissue:Pancreas", |
| "tissue:Pituitary", |
| "tissue:Prostate", |
| "tissue:Skin_Not_Sun_Exposed_Suprapubic", |
| "tissue:Skin_Sun_Exposed_Lower_leg", |
| "tissue:Small_Intestine_Terminal_Ileum", |
| "tissue:Spleen", |
| "tissue:Stomach", |
| "tissue:Testis", |
| "tissue:Thyroid", |
| "tissue:Uterus", |
| "tissue:Vagina", |
| "tissue:Whole_Blood" |
| ], |
| "n_positive": 226, |
| "n_negative": 93, |
| "n_unlabeled": 251, |
| "seed_genes": [ |
| "TP53", |
| "BRCA1", |
| "BRCA2", |
| "PTEN", |
| "EGFR", |
| "KRAS", |
| "APC", |
| "VHL" |
| ], |
| "layers": { |
| "L1": { |
| "nodes": 158, |
| "edges": 3833 |
| }, |
| "L2": { |
| "nodes": 196, |
| "edges": 7668 |
| }, |
| "L3": { |
| "nodes": 412, |
| "edges": 342 |
| }, |
| "L4": { |
| "nodes": 0, |
| "edges": 0 |
| } |
| }, |
| "l4_status": "BLOCKED (CELLxGENE SIGILL in sandbox) \u2014 empty, no fabricated data", |
| "sources": [ |
| "STRING v12.0 (real)", |
| "ClinVar esummary (real, dated)", |
| "GTEx Portal API v2 (real)", |
| "Gene Ontology (real, term-only, not gene-linked)" |
| ], |
| "panel_genes": [ |
| "AKT1", |
| "ALK", |
| "APC", |
| "APOE", |
| "APP", |
| "AR", |
| "ARID1A", |
| "ASXL1", |
| "ATM", |
| "ATR", |
| "ATRX", |
| "AXIN2", |
| "BAP1", |
| "BARD1", |
| "BAX", |
| "BCL10", |
| "BCL2", |
| "BCL6", |
| "BRAF", |
| "BRCA1", |
| "BRCA2", |
| "BRIP1", |
| "C9orf72", |
| "CARD11", |
| "CASP8", |
| "CASR", |
| "CBL", |
| "CCND1", |
| "CDH1", |
| "CDK4", |
| "CDK6", |
| "CDKN2A", |
| "CEBPA", |
| "CFTR", |
| "CHEK2", |
| "CREBBP", |
| "CTNNB1", |
| "DAXX", |
| "DMD", |
| "DNMT3A", |
| "EGFR", |
| "EGLN1", |
| "EP300", |
| "EPAS1", |
| "EPCAM", |
| "ERBB2", |
| "ERCC2", |
| "ESR1", |
| "EZH2", |
| "FBXW7", |
| "FH", |
| "FLT1", |
| "FLT3", |
| "FMR1", |
| "FOXA1", |
| "FOXL2", |
| "FUS", |
| "G6PD", |
| "GATA3", |
| "GBA", |
| "GLI1", |
| "GNA11", |
| "GNAQ", |
| "GNAS", |
| "GRN", |
| "H3F3A", |
| "HBB", |
| "HIF1A", |
| "HRAS", |
| "HTT", |
| "IDH1", |
| "IDH2", |
| "IDH3A", |
| "JAK1", |
| "JAK2", |
| "KDM6A", |
| "KDR", |
| "KIT", |
| "KMT2A", |
| "KMT2D", |
| "KRAS", |
| "LDLR", |
| "LRRK2", |
| "LZTR1", |
| "MAP2K1", |
| "MAP2K2", |
| "MAPT", |
| "MDM2", |
| "MDM4", |
| "MEN1", |
| "MET", |
| "MLH1", |
| "MSH2", |
| "MSH3", |
| "MSH6", |
| "MTOR", |
| "MYC", |
| "MYD88", |
| "NF1", |
| "NF2", |
| "NOTCH1", |
| "NPM1", |
| "NRAS", |
| "PALB2", |
| "PARK7", |
| "PAX8", |
| "PBRM1", |
| "PCSK9", |
| "PDGFRA", |
| "PIK3CA", |
| "PIK3R1", |
| "PINK1", |
| "PMS2", |
| "POLD1", |
| "POLE", |
| "PRKAR1A", |
| "PSEN1", |
| "PSEN2", |
| "PTCH1", |
| "PTEN", |
| "PTPN11", |
| "RAD51C", |
| "RAD51D", |
| "RAF1", |
| "RB1", |
| "RET", |
| "RUNX1", |
| "SDHB", |
| "SDHD", |
| "SETD2", |
| "SHOC2", |
| "SMAD4", |
| "SMARCB1", |
| "SMN1", |
| "SMO", |
| "SNCA", |
| "SOCS1", |
| "SOD1", |
| "SOS1", |
| "SPRED1", |
| "STAG2", |
| "STAT3", |
| "STK11", |
| "SUFU", |
| "TARDBP", |
| "TERT", |
| "TET2", |
| "TNFAIP3", |
| "TP53", |
| "TP53BP1", |
| "TSC1", |
| "TSC2", |
| "VEGFA", |
| "VHL", |
| "WT1", |
| "XRCC1" |
| ] |
| } |
| } |