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CHANGED
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@@ -20,7 +20,7 @@ Zhang et al. 2023 의 GPS peptidome 스크린(Table S2) 28-mer 펩타이드 **25
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| 폴더 | 모델 | 레이어 | 차원 | 레이어당 | 합계 |
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-
| `
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**레이어 1개 = 파일 1개** 입니다. 모든 펩타이드가 28잔기로 길이가 같아서 `(N, 30, dim)` 통짜 배열로 쌓았습니다. 펩타이드가 25만 개라 개별 파일로 만들면 HF 권장치(폴더당 1만)를 크게 넘습니다.
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@@ -118,7 +118,7 @@ for tr, te in gkf.split(X, y, groups=z['uniprot_acc']):
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| 118 |
import numpy as np
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| 119 |
from huggingface_hub import hf_hub_download
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| 120 |
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| 121 |
-
p = hf_hub_download("Limtat99/zhang2023-internal252502-emb", "
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| 122 |
repo_type="dataset")
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| 123 |
z = np.load(p)
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| 124 |
X = z["embedding"] # (N, 30, dim) float16
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@@ -137,7 +137,7 @@ npz 는 zip 이라 seek 가 되면 필요한 멤버만 읽힙니다.
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| 137 |
```python
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from huggingface_hub import HfFileSystem
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| 139 |
fs = HfFileSystem()
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| 140 |
-
with fs.open("datasets/Limtat99/zhang2023-internal252502-emb/
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| 141 |
y = np.load(f)["control_psi"] # 라벨만 = 몇 MB 만 전송
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```
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| 폴더 | 모델 | 레이어 | 차원 | 레이어당 | 합계 |
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+
| `ESM2_650M/` | [`facebook/esm2_t33_650M_UR50D`](https://huggingface.co/facebook/esm2_t33_650M_UR50D) | 35 | 1280 | 18.1 GB | 632.1 GB |
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| 24 |
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| 25 |
**레이어 1개 = 파일 1개** 입니다. 모든 펩타이드가 28잔기로 길이가 같아서 `(N, 30, dim)` 통짜 배열로 쌓았습니다. 펩타이드가 25만 개라 개별 파일로 만들면 HF 권장치(폴더당 1만)를 크게 넘습니다.
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| 26 |
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| 118 |
import numpy as np
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| 119 |
from huggingface_hub import hf_hub_download
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| 120 |
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| 121 |
+
p = hf_hub_download("Limtat99/zhang2023-internal252502-emb", "ESM2_650M/L0.npz",
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| 122 |
repo_type="dataset")
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| 123 |
z = np.load(p)
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| 124 |
X = z["embedding"] # (N, 30, dim) float16
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| 137 |
```python
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| 138 |
from huggingface_hub import HfFileSystem
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| 139 |
fs = HfFileSystem()
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| 140 |
+
with fs.open("datasets/Limtat99/zhang2023-internal252502-emb/ESM2_650M/L0.npz", "rb") as f:
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| 141 |
y = np.load(f)["control_psi"] # 라벨만 = 몇 MB 만 전송
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```
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