text: Science | 比较染色体研究揭示硬骨鱼早期演化历史
  硬骨鱼的系统发育在不同分类层次上一直存在争议，其中一个长期存在的问题关乎crown teleosts最早分支的演化关系，包括Elopomorpha（海鲢总目）、Osteoglossomorpha （骨舌总目），以及Clupeocephala（鲱头鱼总群）。近期在Science上发表的论文of teleost fishes》在1977年，研究者认为海鲢总目与鲱头鱼总群为姐妹群（图1A），但这种情况在1997被质疑，认为骨舌总目与鲱头鱼总群是姊妹群（图1B）。法国巴黎生物研究所的研究人员推翻了前面的两种演化情况，（图1C），鲱头鱼总群则被独立出去。他们如何得出这个结论的呢？图1研究人员对物种的高质量参考基因组序列进行了测序、组装和注释，结合其他物种，中物种以及四个外群物种（图2）进行了详尽的系统发育分析。图21图3A-B从分析的25个物种基因组中选择了955个高置信度1对1的同源基因，在这955棵单个基因树的基础上进行了系统发育重建，所得到的物种树（图3A）支持骨舌总目和海鲢总目是姐妹群，而鲱头鱼家族是独立的。分子基因谱系的分析（图3B）也同样支持，基于单个基因序列比对直接比较了三种演化情景的可信度，研究所支持的演化情况，Best tree数量最多的同时表示显著拒绝的数量最少。图3C-D本篇不但从基因序列的角度进行了研究，同时研究人员基于基因组的保守性使用了两种创新的全基因组方法，第一，分析了覆盖每个物种基因组57%到98%的3041个同源标记基因之间的基因邻接保守性分析微观同源进化，并推断出一棵邻接进化树（图3C），第二，通过测量物种之间共享的染色体断裂点的比例来进行宏观同源进化分析（图3D），都同样支持骨舌总目和海鲢总目为姐妹群群。2研究人员进行了大量的染色体重排观察后发现，1a与2a发生重排，即骨舌总目和海鲢总目共享1a与2a染色体重排 ；鲱头鱼总群与以上两者不同，它们大多数是在1b与2b之间独立融合，进一步验证了骨舌总目和海鲢总目为姐妹群，而鲱头鱼总群是被独立出来的。