text: Всичко това се промени, когато гражданската война утихна. Обединителят на Япония, шогунът Тойотоми Хидейоши решил, че християнството е учение, чуждо на японския народ. Той разпоредил да бъдат затворени всички християнски мисии в страната, а който не се подчинява – екзекутиран. В резултат на това шестима францисканци, седемнадесет японски християни и трима йезуити били заведени боси от Киото до Нагасаки, където били садистично разпънати на кръстове на 5 февруари 1597 г. По-късно католическата църква ги обявила за Двадесет и шестимата японски мъченици. Започнали погроми срещу християните и повечето били принудени да минат в нелегалност.
  Когато през 1603 г. на власт дошъл Токугава Иеясу, изглеждало, че за японските християни ще има облекчение. Но въпреки, че новият шогун имал дългогодишни бизнес-отношения с испанските колонии, той наследил от своя предшественик подозрителността към християнството. На вездесъщите испански проповедници Токугава се опитал да противопостави протестантите – Япония сключила търговски споразумения с холандците и британците. Британските и холандските посланици заявили, че католическите мисионери подготвят почвата за испанско военно нашествие. В същото време те уверявали, че техните страни ще се ограничат с търговия.
  Под въздействието на всички тези фактори през 1614 г. с указ на шогуна в Япония християнството било забранено. Всички чуждестранни мисионери и свещеници били изгонени от страната. Японските християни били принудени да се укриват. Център на тяхната съпротива станал град Нагасаки. (Между другото, някои историци и политолози смятат, че именно християнското минало на града е главната причина той да стане една от мишените на американските атомни бомбардировки през август 1945 г.).