text: Към края на 1980-те години противоречията между привържениците на светската власт и ислямистите прерастват в гражданска война, завършила с поражение на фундаменталистите.
  В края на декември 1991 г. – след като става ясно, че в резултат от първия тур на първите многопартийни избори властта в страната е напът да спечели Ислямският фронт за спасение, е създаден временен комитет от 4 членове (2 военни и 2 политици), който обявява изборите за фалшифицирани и анулира втория тур, принуждава президента Шадли Бенджедид да подаде оставка, установява военен режим и забранява Ислямския фронт за спасение. Ислямистите реагират с партизански и терористични действия. Тактиката на екстремистите е основана както на нападения срещу военни и полицейски сили и членове на елита, така и на действия с цел сплашване на населението. Апотеоз е убийството на президента на страната Мохамед Будиаф през юни 1992 г. Мащабната гражданска война продължава близо десетилетие (Черното десетилетие), а отделни случаи на тероризъм се наблюдават и понастоящем. Войната отнема живота на повече от 100 хиляди души – повечето от тях жертви на показни масови убийства и други терористични актове на ислямистки групировки. Държавата претърпява огромни икономически щети.
  Само твърдата линия на военните лидери на Алжир в периода 1992 – 1999 г., позволява се да се намали терора и принуждава екстремистите да преговарят за национално помирение. В ​​борбата с екстремистите широко участват местните хора под формата на групи за самозащита. Това прави трудна задачата на екстремистите в много области на страната, води до тяхната политическа изолация от обществото и освобождава значителни сили на армията и специалните сили за действие. Голямо значение се придава на установяването на контрол над ислямската инфраструктура, последователното отстраняване на радикални имами на джамии, както и прекъсване на каналите за външно финансиране на въоръжените екстремистки крила и техните политически структури.
  На 27 април 1999 г. за президент на страната е избран дългогодишният министър на външните работи, известният политик Абделазиз Бутефлика.