Instructions to use somosnlp/spanish_medica_llm with libraries, inference providers, notebooks, and local apps. Follow these links to get started.
- Libraries
- PEFT
How to use somosnlp/spanish_medica_llm with PEFT:
from peft import PeftModel from transformers import AutoModelForCausalLM base_model = AutoModelForCausalLM.from_pretrained("BioMistral/BioMistral-7B") model = PeftModel.from_pretrained(base_model, "somosnlp/spanish_medica_llm") - Notebooks
- Google Colab
- Kaggle
Update README.md
Browse files
README.md
CHANGED
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@@ -11,68 +11,45 @@ model-index:
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| 11 |
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| 12 |
<!-- This model card has been generated automatically according to the information the Trainer had access to. You
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| 13 |
should probably proofread and complete it, then remove this comment. -->
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| 14 |
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-
#
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| 16 |
-
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| 17 |
-
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| 18 |
-
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| 19 |
-
## Model description
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| 20 |
-
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| 21 |
-
More information needed
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| 22 |
-
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| 23 |
-
## Intended uses & limitations
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| 24 |
-
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| 25 |
-
More information needed
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-
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| 27 |
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## Training and evaluation data
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| 29 |
-
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| 30 |
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| 31 |
-
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| 32 |
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| 33 |
-
#
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| 34 |
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| 35 |
-
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| 36 |
-
- learning_rate: 2.5e-05
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| 37 |
-
- train_batch_size: 16
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| 38 |
-
- eval_batch_size: 1
|
| 39 |
-
- seed: 42
|
| 40 |
-
- gradient_accumulation_steps: 4
|
| 41 |
-
- total_train_batch_size: 64
|
| 42 |
-
- optimizer: Adam with betas=(0.9,0.999) and epsilon=1e-08
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| 43 |
-
- lr_scheduler_type: linear
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| 44 |
-
- lr_scheduler_warmup_steps: 5
|
| 45 |
-
- training_steps: 2
|
| 46 |
-
- mixed_precision_training: Native AMP
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| 47 |
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| 48 |
-
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| 49 |
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| 50 |
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| 51 |
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| 52 |
-
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| 53 |
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| 54 |
-
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| 55 |
-
- Transformers 4.38.0
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| 56 |
-
- Pytorch 2.2.2+cu121
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| 57 |
-
- Datasets 2.18.0
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| 58 |
-
- Tokenizers 0.15.2
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| 59 |
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| 60 |
-
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| 61 |
-
<!--
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| 62 |
-
Esta plantilla de Model Card es una adaptación de la de Hugging Face: https://github.com/huggingface/huggingface_hub/blob/main/src/huggingface_hub/templates/modelcard_template.md
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| 63 |
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| 64 |
-
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| 65 |
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| 66 |
-
Para más información sobre cómo rellenar cada sección ver las docs: https://huggingface.co/docs/hub/model-cards
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| 67 |
-->
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| 69 |
-
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| 70 |
-
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| 71 |
-
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| 72 |
-
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| 73 |
-
<!-- Resumen del modelo y motivación del proyecto (inc. los ODS relacionados). Esta sección es como el abstract. También se puede incluir aquí el logo del proyecto. -->
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| 74 |
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| 75 |
-
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| 76 |
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| 77 |
## Model Details
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| 78 |
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@@ -80,24 +57,22 @@ Para más información sobre cómo rellenar cada sección ver las docs: https://
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| 80 |
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| 81 |
<!-- Resumen del modelo. -->
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| 82 |
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| 83 |
-
- **Developed by:** [
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| 84 |
- **Funded by:** SomosNLP, HuggingFace <!-- Si contasteis con apoyo de otra entidad (e.g. vuestra universidad), añadidla aquí -->
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| 85 |
- **Model type:** Language model, instruction tuned
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| 86 |
-
- **Language(s):**
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| 87 |
- **License:** apache-2.0 <!-- Elegid una licencia lo más permisiva posible teniendo en cuenta la licencia del model pre-entrenado y los datasets utilizados -->
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| 88 |
-
- **Fine-tuned from model:** [
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| 89 |
-
- **Dataset used:** [
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| 90 |
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| 91 |
### Model Sources
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| 92 |
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| 93 |
- **Repository:** [More Information Needed] <!-- Enlace al `main` del repo donde tengáis los scripts, i.e.: o del mismo repo del modelo en HuggingFace o a GitHub. -->
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| 94 |
- **Paper:** [optional] [More Information Needed] <!-- Si vais a presentarlo a NAACL poned "WIP", "Comming soon!" o similar. Si no tenéis intención de presentarlo a ninguna conferencia ni escribir un preprint, eliminar. -->
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| 95 |
- **Demo:** [More Information Needed] <!-- Enlace a la demo -->
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| 96 |
-
- **Video presentation:** [
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| 97 |
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| 98 |
-
### Model Family [optional]
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| 99 |
-
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| 100 |
-
<!-- Si habéis entrenado varios modelos similares podéis enumerarlos aquí. -->
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| 101 |
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| 102 |
## Uses
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| 103 |
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|
@@ -109,17 +84,12 @@ Para más información sobre cómo rellenar cada sección ver las docs: https://
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| 109 |
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| 110 |
[More Information Needed]
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| 111 |
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| 112 |
-
### Downstream Use [optional]
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| 113 |
-
|
| 114 |
-
<!-- This section is for the model use when fine-tuned for a task, or when plugged into a larger ecosystem/app -->
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| 115 |
-
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| 116 |
-
[More Information Needed]
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| 117 |
-
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| 118 |
### Out-of-Scope Use
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| 119 |
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| 120 |
<!-- This section addresses misuse, malicious use, and uses that the model will not work well for. -->
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| 121 |
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| 122 |
-
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| 123 |
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| 124 |
## Bias, Risks, and Limitations
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| 125 |
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@@ -149,7 +119,7 @@ Use the code below to get started with the model.
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| 149 |
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| 150 |
<!-- This should link to a Dataset Card, perhaps with a short stub of information on what the training data is all about as well as documentation related to data pre-processing or additional filtering. -->
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| 151 |
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| 152 |
-
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| 153 |
|
| 154 |
### Training Procedure
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| 155 |
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@@ -157,21 +127,24 @@ Use the code below to get started with the model.
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| 157 |
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| 158 |
<!-- Detallar la técnica de entrenamiento utilizada y enlazar los scripts/notebooks. -->
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| 159 |
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| 160 |
-
#### Preprocessing [optional]
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| 161 |
-
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| 162 |
-
[More Information Needed]
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| 163 |
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| 164 |
#### Training Hyperparameters
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| 165 |
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| 166 |
<!-- Enumerar los valores de los hiperparámetros de entrenamiento. -->
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| 167 |
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| 168 |
-
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| 169 |
-
|
| 170 |
-
|
| 171 |
-
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| 172 |
-
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| 173 |
-
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| 174 |
-
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| 175 |
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| 176 |
## Evaluation
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| 177 |
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@@ -183,7 +156,7 @@ Use the code below to get started with the model.
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| 183 |
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| 184 |
<!-- This should link to a Dataset Card. -->
|
| 185 |
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| 186 |
-
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| 187 |
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| 188 |
#### Factors
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| 189 |
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@@ -217,19 +190,16 @@ Use the code below to get started with the model.
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| 217 |
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| 218 |
Carbon emissions can be estimated using the [Machine Learning Impact calculator](https://mlco2.github.io/impact#compute) presented in [Lacoste et al. (2019)](https://arxiv.org/abs/1910.09700).
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| 219 |
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| 220 |
-
- **Hardware Type:**
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| 221 |
-
- **Hours used:**
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| 222 |
-
- **Cloud Provider:** [
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| 223 |
- **Compute Region:** [More Information Needed]
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| 224 |
- **Carbon Emitted:** [More Information Needed]
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| 225 |
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| 226 |
-
## Technical Specifications [optional]
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| 227 |
-
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| 228 |
-
<!-- Esta sección es opcional porque seguramente ya habéis mencionado estos detalles más arriba, igualmente está bien incluirlos aquí de nuevo como bullet points a modo de resumen. -->
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| 229 |
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| 230 |
### Model Architecture and Objective
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| 231 |
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| 232 |
-
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| 233 |
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| 234 |
### Compute Infrastructure
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| 235 |
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@@ -239,24 +209,40 @@ Carbon emissions can be estimated using the [Machine Learning Impact calculator]
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| 239 |
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| 240 |
<!-- Indicar el hardware utilizado, podéis agradecer aquí a quien lo patrocinó. -->
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| 241 |
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| 242 |
-
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| 243 |
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| 244 |
#### Software
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| 245 |
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| 246 |
<!-- Enumerar las librerías utilizadas (e.g. transformers, distilabel). -->
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| 247 |
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| 248 |
[More Information Needed]
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| 249 |
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| 250 |
## License
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| 251 |
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| 252 |
<!-- Indicar bajo qué licencia se libera el modelo explicando, si no es apache 2.0, a qué se debe la licencia más restrictiva (i.e. herencia de las licencias del modelo pre-entrenado o de los datos utilizados). -->
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| 253 |
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| 254 |
## Citation
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| 255 |
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| 256 |
**BibTeX:**
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| 258 |
-
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| 259 |
-
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| 260 |
<!--
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| 261 |
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| 262 |
Aquí tenéis un ejemplo de cita de un dataset que podéis adaptar:
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@@ -279,9 +265,6 @@ Aquí tenéis un ejemplo de cita de un dataset que podéis adaptar:
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| 279 |
|
| 280 |
-->
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| 281 |
|
| 282 |
-
## Glossary [optional]
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| 283 |
-
|
| 284 |
-
<!-- If relevant, include terms and calculations in this section that can help readers understand the model or model card. -->
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| 285 |
|
| 286 |
## More Information
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| 287 |
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|
@@ -289,13 +272,18 @@ Aquí tenéis un ejemplo de cita de un dataset que podéis adaptar:
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| 289 |
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| 290 |
This project was developed during the [Hackathon #Somos600M](https://somosnlp.org/hackathon) organized by SomosNLP. The model was trained using GPUs sponsored by HuggingFace.
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| 291 |
|
| 292 |
-
**Team:**
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| 293 |
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| 294 |
<!--
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| 295 |
- [Name 1](Link to Hugging Face profile)
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| 296 |
- [Name 2](Link to Hugging Face profile)
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| 297 |
-->
|
| 298 |
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|
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|
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|
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|
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| 299 |
## Contact [optional]
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| 300 |
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| 301 |
<!-- Email de contacto para´posibles preguntas sobre el modelo. -->
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|
|
|
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| 11 |
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| 12 |
<!-- This model card has been generated automatically according to the information the Trainer had access to. You
|
| 13 |
should probably proofread and complete it, then remove this comment. -->
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| 14 |
+
<!-- Email de contacto para´posibles preguntas sobre el modelo. -->
|
| 15 |
|
| 16 |
+
<!--- ############################################################################################################################### -----!>
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| 17 |
+
<!--
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| 18 |
+
Esta plantilla de Model Card es una adaptación de la de Hugging Face: https://github.com/huggingface/huggingface_hub/blob/main/src/huggingface_hub/templates/modelcard_template.md
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| 20 |
+
¿Cómo utilizar esta plantilla? Copia el contenido en el README.md del repo de tu modelo en el Hub de Hugging Face y rellena cada sección.
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| 21 |
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| 22 |
+
Para más información sobre cómo rellenar cada sección ver las docs: https://huggingface.co/docs/hub/model-cards
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| 23 |
+
-->
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| 24 |
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| 25 |
+
# Model Card for SpanishMedicaLLM
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| 26 |
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| 27 |
+
<!--
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+
Nombre del modelo:
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+
Suele haber un nombre corto ("pretty name") para las URLs, tablas y demás y uno largo más descriptivo. Para crear el pretty name podéis utilizar acrónimos.
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| 33 |
+
Idioma:
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| 35 |
+
La Model Card puede estar en español o en inglés. Recomendamos que sea en inglés para que la comunidad internacional pueda utilizar vuestro dataset. Teniendo en cuenta que somos una comunidad hispanohablante y no queremos que el idioma sea una barrera, la opción más inclusiva sería escribirla en un idioma y traducirla (automáticamente?) al otro. En el repo entonces habría un README.md (Model Card en inglés) que enlazaría a un README_ES.md (Model Card en español), o viceversa, README.md y README_EN.md. Si necesitáis apoyo con la traducción os podemos ayudar.
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| 37 |
+
Qué incluir en esta sección:
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+
Esta sección es como el abstract. Escribir un resumen del modelo y motivación del proyecto (inc. los ODS relacionados). Si el proyecto tiene un logo, incluidlo aquí.
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| 40 |
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| 41 |
+
Si queréis incluir una versión de la Model Card en español, enlazadla aquí al principio (e.g. "A Spanish version of this Model Card can be found under [`README_es.md`](URL)"). De manera análoga para el inglés.
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| 42 |
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| 43 |
-->
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| 44 |
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| 45 |
+
Más de 600 millones de personas hablantes del idioma español necesitan recursos, como los LLMs, para la obtención de información médica de forma libre y segura,
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| 46 |
+
cumpliendo con los objetivo del milenio: Salud y Bienestar, Educación y Calidad, Fin de la Pobreza propuestos por la ONU.
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| 47 |
+
Existen pocos LLM para el dominio médico en idioma español.
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| 48 |
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| 49 |
+
El objetivo de este proyecto es crear un gran modelo de lenguaje (LLM; siglas en inglés) para el contexto médico en español permitiendo crear soluciones
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| 50 |
+
y servicios de información de salud en LATAM. El modelo contará con información de medicinas convencionales, naturales y tradicionales.
|
| 51 |
+
Un resultado del proyecto es un conjunto de datos público del dominio médico que agrupa recursos de otras fuentes que permite crear o ajustar LLM.
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| 52 |
+
Los resultados del desempeño del LLM se comparan con otros modelos del state-of-the-art como BioMistral, Meditron, MedPalm.
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| 53 |
|
| 54 |
## Model Details
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| 55 |
|
|
|
|
| 57 |
|
| 58 |
<!-- Resumen del modelo. -->
|
| 59 |
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| 60 |
+
- **Developed by:** [Dionis López Ramos](https://www.linkedin.com/in/dionis-lopez-ramos/), [Alvaro Garcia Barragan](https://huggingface.co/Alvaro8gb), [Dylan Montoya](https://huggingface.co/dylanmontoya22), [Daniel Bermúdez](https://huggingface.co/Danielbrdz) <!-- Nombre de los miembros del equipo -->
|
| 61 |
+
<!-- Nombre de los miembros del equipo -->
|
| 62 |
- **Funded by:** SomosNLP, HuggingFace <!-- Si contasteis con apoyo de otra entidad (e.g. vuestra universidad), añadidla aquí -->
|
| 63 |
- **Model type:** Language model, instruction tuned
|
| 64 |
+
- **Language(s):** Spanish (`es-ES`, `es-CL`) <!-- Enumerar las lenguas en las que se ha entrenado el modelo, especificando el país de origen. Utilizar códigos ISO. Por ejemplo: Spanish (`es-CL`, `es-ES`, `es-MX`), Catalan (`ca`), Quechua (`qu`). -->
|
| 65 |
- **License:** apache-2.0 <!-- Elegid una licencia lo más permisiva posible teniendo en cuenta la licencia del model pre-entrenado y los datasets utilizados -->
|
| 66 |
+
- **Fine-tuned from model:** [BioMistral/BioMistral-7B](https://huggingface.co/BioMistral/BioMistral-7B) <!-- Enlace al modelo pre-entrenado que habéis utilizado como base -->
|
| 67 |
+
- **Dataset used:** [somosnlp/SMC/](https://huggingface.co/datasets/somosnlp/SMC/) <!-- Enlace al dataset utilizado para el ajuste -->
|
| 68 |
|
| 69 |
### Model Sources
|
| 70 |
|
| 71 |
- **Repository:** [More Information Needed] <!-- Enlace al `main` del repo donde tengáis los scripts, i.e.: o del mismo repo del modelo en HuggingFace o a GitHub. -->
|
| 72 |
- **Paper:** [optional] [More Information Needed] <!-- Si vais a presentarlo a NAACL poned "WIP", "Comming soon!" o similar. Si no tenéis intención de presentarlo a ninguna conferencia ni escribir un preprint, eliminar. -->
|
| 73 |
- **Demo:** [More Information Needed] <!-- Enlace a la demo -->
|
| 74 |
+
- **Video presentation:** [SpanishMedicaLLM | Proyecto Hackathon #SomosNLP ](https://www.youtube.com/watch?v=tVe_MC7Da6k) <!-- Enlace a vuestro vídeo de presentación en YouTube (están todos subidos aquí: https://www.youtube.com/playlist?list=PLTA-KAy8nxaASMwEUWkkTfMaDxWBxn-8J) -->
|
| 75 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 76 |
|
| 77 |
## Uses
|
| 78 |
|
|
|
|
| 84 |
|
| 85 |
[More Information Needed]
|
| 86 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 87 |
### Out-of-Scope Use
|
| 88 |
|
| 89 |
<!-- This section addresses misuse, malicious use, and uses that the model will not work well for. -->
|
| 90 |
|
| 91 |
+
Los creadores del LLM no se hacen responsable de resultados nocivos que puedan generar. Se sugiere un proceso de evaluación riguroso con especialistas
|
| 92 |
+
de los resultados generados.
|
| 93 |
|
| 94 |
## Bias, Risks, and Limitations
|
| 95 |
|
|
|
|
| 119 |
|
| 120 |
<!-- This should link to a Dataset Card, perhaps with a short stub of information on what the training data is all about as well as documentation related to data pre-processing or additional filtering. -->
|
| 121 |
|
| 122 |
+
Dataset used was [somosnlp/SMC/](https://huggingface.co/datasets/somosnlp/SMC/)
|
| 123 |
|
| 124 |
### Training Procedure
|
| 125 |
|
|
|
|
| 127 |
|
| 128 |
<!-- Detallar la técnica de entrenamiento utilizada y enlazar los scripts/notebooks. -->
|
| 129 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 130 |
|
| 131 |
#### Training Hyperparameters
|
| 132 |
|
| 133 |
<!-- Enumerar los valores de los hiperparámetros de entrenamiento. -->
|
| 134 |
|
| 135 |
+
**Training regime:**
|
| 136 |
+
- learning_rate: 2.5e-05
|
| 137 |
+
- train_batch_size: 16
|
| 138 |
+
- eval_batch_size: 1
|
| 139 |
+
- seed: 42
|
| 140 |
+
- gradient_accumulation_steps: 4
|
| 141 |
+
- total_train_batch_size: 64
|
| 142 |
+
- optimizer: Adam with betas=(0.9,0.999) and epsilon=1e-08
|
| 143 |
+
- lr_scheduler_type: linear
|
| 144 |
+
- lr_scheduler_warmup_steps: 5
|
| 145 |
+
- training_steps: 2
|
| 146 |
+
- mixed_precision_training: Native AMP
|
| 147 |
+
- <!--fp32, fp16 mixed precision, bf16 mixed precision, bf16 non-mixed precision, fp16 non-mixed precision, fp8 mixed precision -->
|
| 148 |
|
| 149 |
## Evaluation
|
| 150 |
|
|
|
|
| 156 |
|
| 157 |
<!-- This should link to a Dataset Card. -->
|
| 158 |
|
| 159 |
+
Dataset used was a 20% from [somosnlp/SMC/](https://huggingface.co/datasets/somosnlp/SMC/)
|
| 160 |
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#### Factors
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Carbon emissions can be estimated using the [Machine Learning Impact calculator](https://mlco2.github.io/impact#compute) presented in [Lacoste et al. (2019)](https://arxiv.org/abs/1910.09700).
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+
- **Hardware Type:** GPU
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+
- **Hours used:** 4 Hours
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+
- **Cloud Provider:** [Hugginface](https://huggingface.co)
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| 196 |
- **Compute Region:** [More Information Needed]
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- **Carbon Emitted:** [More Information Needed]
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### Model Architecture and Objective
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+
We used a LLM arquitecture to [BioMistral/BioMistral-7B](https://huggingface.co/BioMistral/BioMistral-7B) because if a foundational model trained in medical domain datasets.
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### Compute Infrastructure
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<!-- Indicar el hardware utilizado, podéis agradecer aquí a quien lo patrocinó. -->
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+
Nvidia T4 Small 4 vCPU 15 GB RAM 16 GB VRAM
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#### Software
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| 216 |
<!-- Enumerar las librerías utilizadas (e.g. transformers, distilabel). -->
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+
- transformers==4.38.0
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+
- torch>=2.1.1+cu113
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+
- trl @ git+https://github.com/huggingface/trl
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+
- peft
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+
- wandb
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+
- accelerate
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+
- datasets
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+
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[More Information Needed]
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## License
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| 230 |
<!-- Indicar bajo qué licencia se libera el modelo explicando, si no es apache 2.0, a qué se debe la licencia más restrictiva (i.e. herencia de las licencias del modelo pre-entrenado o de los datos utilizados). -->
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+
Apache License 2.0
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## Citation
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**BibTeX:**
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```
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+
@software{lopez2024spanishmedicallm,
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| 239 |
+
author = {Lopez Dionis, Garcia Alvaro, Montoya Dylan, Bermúdez Daniel},
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| 240 |
+
title = {SpanishMedicaLLM},
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| 241 |
+
month = February,
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| 242 |
+
year = 2024,
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| 243 |
+
url = {https://huggingface.co/datasets/HuggingFaceTB/cosmopedia}
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| 244 |
+
}
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| 245 |
+
```
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| 246 |
<!--
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| 248 |
Aquí tenéis un ejemplo de cita de un dataset que podéis adaptar:
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-->
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## More Information
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This project was developed during the [Hackathon #Somos600M](https://somosnlp.org/hackathon) organized by SomosNLP. The model was trained using GPUs sponsored by HuggingFace.
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+
**Team:**
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<!--
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- [Name 1](Link to Hugging Face profile)
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- [Name 2](Link to Hugging Face profile)
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-->
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| 282 |
+
- [Dionis López Ramos](https://huggingface.co/inoid)
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+
- [Alvaro Garcia Barragan](https://huggingface.co/Alvaro8gb)
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| 284 |
+
- [Dylan Montoya](https://huggingface.co/dylanmontoya22)
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- [Daniel Bermúdez](https://huggingface.co/Danielbrdz)
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## Contact [optional]
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<!-- Email de contacto para´posibles preguntas sobre el modelo. -->
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For any doubt or suggestion contact to: PhD Dionis López (inoid2007@gmail.com)
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